初期参与到人类基因组测序计划，从事在基因组中搜寻编码蛋白基因的计算方法及软件实施。进而从事了蛋白三级结构预测的计算方法研发，及微生物基因组的统计分析、代谢系统建模和功能预测。2003年，他的研究团队加盟佐治亚大学，成立生物信息研究所,同时入职佐治亚大学生化系。自2008年起，开始通过肿瘤组学数据研究肿瘤发生、发展、转移的推手和机理。共发表近400篇学术论文，五部著作，包括世界上第一部“肿瘤信息学”专著,引文20000余次、H指数为71。自1995年，共培养38位博士后，20余位博士，其中19人在美国研究型大学任教，20多人任教于欧洲，韩国及国内各大学。自2003年起，每年在国内主持召开“生物信息学国际研讨会(2003-2013)，及“肿瘤系统生物学国际研讨会”(2011-),并每年主讲“生物信息学”或“肿瘤信息学”暑期课程，共吸引2万余人参加。